وابستگی بیش از حد به ساختارهای پروتئینی با سرمازدگی ممکن است طراحی دارویی مبتنی بر ساختار محاسباتی را به خطر بیندازد پژوهش

اشتراک گذاری در telegram
اشتراک گذاری در whatsapp
اشتراک گذاری در facebook
اشتراک گذاری در twitter
اشتراک گذاری در linkedin
اشتراک گذاری در reddit
اشتراک گذاری در email
امتیاز دهید

*****توجه : ممکن است در ترجمه مشکلاتی وجود داشته باشد *****

تحقیقات جدید نشان می دهد که درجه حرارت می تواند به شدت بر حالت تطبیقی ​​و خواص اتصال لیگاند یک پروتئین تأثیر بگذارد. در نتیجه ، مدل سازی محاسباتی تنها بر اساس داده های ساختاری سرمازا ممکن است نتایج گمراه کننده ای را ایجاد کند.

تقریباً همه مجموعه داده های کریستالوگرافی جمع آوری شده برای تعیین ساختار پروتئین در دمای انجماد به دست می آیند. کریستال های پروتئینی با نیتروژن مایع خنک می شوند و هنگامی که یک کریستال با اشعه ایکس بمباران می شود ، شرایط دمای پایین به محدود کردن آسیب اشعه ایکس کمک می کند ، که به کاربران اجازه می دهد مجموعه داده های با وضوح بالا و کامل را جمع آوری کنند. اگرچه می تواند آسیب کریستال بیشتری ایجاد کند ، اما انجام آزمایش در دمای اتاق نیز امکان پذیر است. بسیاری از پروتئین ها انعطاف پذیر هستند بنابراین دارای ساختارهای پویا هستند و برخی از حالتهای تطبیقی ​​فقط در دمای اتاق قابل دسترسی هستند. بنابراین ، ممکن است هنگام مطالعه پروتئین در شرایط سرمازدگی ، حالت سازنده غالب یک پروتئین را در دمای بیولوژیکی طبیعی مشاهده یا به درستی نگیرند. علاوه بر این ، اگر چندین پروتئین سازگار امکان پذیر باشد ، ممکن است اینها در نسبتهای مختلف در دماهای مختلف بوجود آیند.

اکنون ، مارکوس فیشر از بیمارستان تحقیقاتی کودکان سنت جود در تنسی ، ایالات متحده و همکارانش اولین تجزیه و تحلیل سیستماتیک مصنوعات دما در ساختارهای پروتئینی را انجام داده اند. مردم ممکن است بیش از حد از داده هایی که در واقع مصنوعی کریو هستند تفسیر کنند. وقتی فقط به کرایو نگاه می کنید و شروع به بهینه سازی می کنید … ممکن است گمراه شوید. او می گوید که شما فقط نمی دانید.

دو ساختار پروتئینی

تیم تحقیقاتی خود را با مشاهده مدل مدل T4 لیزوزیم L99A ، که دارای بیش از 700 ساختار در بانک داده پروتئین (PDB) است ، آغاز کرد. با این حال ، پس از جمع آوری بزرگترین سری دما تا به امروز از 9 جفت مجموعه داده در دمای کریو و دمای اتاق ، تیم فیشر یک تأیید مارپیچ آپو جدید را مشاهده کردند که مربوط به اتصال لیگاند است. فیشر می گوید: “این چیزی است که ما در اینجا از آن دفاع می کنیم.” “دمای اتاق می تواند بینش بیشتری در مورد چشم انداز تطبیقی ​​که می تواند برای طراحی و کشف لیگاند مورد بررسی قرار گیرد ، ارائه دهد.”

سلولهای مصنوعی "خود باد کننده" می توانند محموله را ضبط ، ذخیره و آزاد کنند | پژوهش

مدل سازی محاسباتی برای کشف و طراحی داروهای مدرن ضروری است ، و برای انجام مطالعات مربوط به اتصال لیگاند به کشف موفقیت آمیز دارو ، بسیار مهم است که مدل پروتئین اولیه تا آنجا که ممکن است به هدف in vivo صادق باشد. با جمع آوری 14 مجموعه داده جدید با وضوح بالا و ترکیب آنها با مجموعه داده های PDB ، تیم می تواند نه جفت (در دمای سردخانه و دمای اتاق) ساختار لیزوزیم T4 L99A را تجزیه و تحلیل کند. آنها دریافتند که بیش از یک سوم باقی مانده ها ، که بیشتر آنها در نزدیکی محل اتصال لیگاند قرار دارند ، به تغییرات دما پاسخ می دهند. آنها همچنین اتصال و اشغال لیگاند را در صدها مجموعه داده مورد بررسی قرار دادند ، که نشان می دهد پیوندهای لیگاند جدید در دمای اتاق نشان داده می شود. تحقیقات به چهار کلاس پروتئینی دیگر گسترش یافت و به وضوح نشان می دهد که ساختارهای دمای اتاق می توانند بینش هایی را که با ساختارهای سرمازا ثبت نشده اند ، ارائه دهند. استفاده از داده های جمع آوری شده به عنوان نقطه شروع برای مطالعات مدل سازی نشان می دهد که ویژگی های متناوب می توانند ، و شاید باید ، با دقت مدل سازی شوند و به عنوان حالتهای جزئی دور نمانند.

“یک ساختار یک تصویر فوری است”

الینور دادسون ، استاد برجسته دانشگاه یورک ، بریتانیا و متخصص در مدل سازی محاسباتی کریستالوگرافی پروتئین ، اظهار می کند: کسانی که آزمایشات آینده خود را بر اساس نتایج کریستالوگرافی انجام می دهند ، باید از محدودیت ها آگاه باشند. نتایج تحت تأثیر دما ، شرایط تبلور ، آسیب تابش و غیره قرار می گیرد. یک ساختار یک تصویر فوری است. ابزارهای مدل سازی خوب باید این نتایج را در نظر بگیرند ، اما مدل سازی محاسباتی نیز باید با تقریب ها سروکار داشته باشد.

آغاز حذف سهمیه بندی برخی کالاها از اول آبان/ بورس کالا تأیید کرد

Elspeth Garman ، پیشگام حفاظت از سرما ، در دانشگاه آکسفورد ، انگلستان ، می گوید توسعه دهندگان ابزارهای مدل سازی محاسباتی باید به این مطالعه توجه داشته باشند: ساختارهای خنک کننده PDB به اندازه ساختارهای دمای اتاق ، یک آموزش کارآمد نخواهد بود. با توجه به توسعه کریستالوگرافی سینکروترون سری و نرم افزار تجزیه و تحلیل داده های قابل اعتماد برای ادغام داده ها از کریستال های مختلف ، کریستالوگرافی دمای اتاق در حال رنسانس است که تعداد ساختارهای دمای اتاق را در PDB افزایش می دهد و دمای اتاق را افزایش می دهد. مجموعه آموزشی برای ابزارهای مدل سازی محاسباتی مبتنی بر AI. ‘

در حالی که این تحقیق اشکالات تکیه بر ساختارهای برودتی را برجسته می کند ، کیث ویلسون ، متخصص در توسعه روش های کریستالوگرافی پروتئین در دانشگاه یورک ، بریتانیا می گوید که جمع آوری داده های دمای اتاق هنگام مطالعه درشت مولکول های بیولوژیکی همیشه امکان پذیر نیست: پروتئین ها ، جمع آوری داده های دمای اتاق باعث مرگ سریع بلور می شود و تعداد زیادی کریستال برای ثبت مجموعه کامل داده ها مورد نیاز است. جمع آوری داده های دمای اتاق ، از جمله تکنیک های in-plate in situ ، روی بلورهایی اعمال شده است که انجماد سرمازدنی برای آنها غیرقابل حل است مانند تعدادی پروتئین غشایی. اما این بدان معناست که تعداد زیادی کریستال برای داده های کامل مورد نیاز است. من می دانم که جمع آوری داده های برودتی به عنوان عادی برای اکثر پروژه ها ادامه دارد. ثبت داده های دمای اتاق برای اکثر مطالعات بسیار دشوار است

با این حال ، فیشر مایل است محققان بیشتری را تشویق کند تا آزمایش های دمای اتاق را امتحان کنند. چیزهای زیادی برای از دست دادن به غیر از زمان و شاید کمی پول وجود ندارد ، اما بینش هایی که به دست می آورید تقریباً یک آزمایش جدید است. شما فقط آنقدر بینش های جدید و متفاوت دریافت می کنید که ارزش یکبار عکس گرفتن را دارد. ‘

خبرهای خوبی در زمینه قراردادهای نفتی و تهاتر نفت در راه است/فرش قرمز وزارت نفت برای سرمایه گذاران داخلی و خارجی

منبع : www.chemistryworld.com
2021-09-07 12:43:00

امتیاز دهید

دیدگاه‌ خود را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد.

راه های ارتباطی با کارشناسان فروش

کارشناسان فروش:

خانم سپهری

مدیر فروش

خانم شایگان

کارشناس فروش

خانم سعادت

کارشناس فروش

شماره موبایل:

شماره تلفن:

پیغام در واتساپ:

5020 142 0919

3147 9501 031

2813 836 0910

3144 9501 031

5410 061 0912

3145 9501 031

راه های ارتباطی با کارشناسان فروش

خانم سپهری

مدیر فروش

شماره موبایل:

شماره تلفن:

پیام در واتساپ:

5020 142 0919

3147 9501 031

خانم شایگان

کارشناس فروش

شماره موبایل:

شماره تلفن:

پیام در واتساپ:

5020 142 0919

3147 9501 031

خانم سعادت

کارشناس فروش

شماره موبایل:

شماره تلفن:

پیام در واتساپ:

5020 142 0919

3147 9501 031

بیا ببین چه خبره اینجا

عضویت در خبرنامه هفتگی ما

مزایا عضویت :

  • جدید ترین مقالات و محصولات را در ایمیل خود به صورت هفتگی داشته باشید.
  • اخبار جشنواره و نمایشگاه های مربوطه را سریعتر از بقیه دریافت کنید.
  • مهم از همه فقط اینجا تخفیف محصولات را اعلام میکنیم
  • آخری هم با اجازه شما ماهی یک بار هم تبلیغ بفرستیم ( قول میدیم مزاحم نشیم و دست پر هم بیایم )
خبرنامه دکاموند شیمی

دانلود فقط با یک کلیک

با کلیک بر روی دانلود و اشتراک ، شما در خبرنامه مشتریان دکاموند شیمی مشترک خواهید شد.